天使們的帝國便是由拉錫葉公國等12公國組成的愛爾達聯邦，然而這個聯邦並不穩固，世界也不得安寧。在12公國中的貝力歐、亞伯登及薩梅爾三公國總是蓄意挑起戰爭以圖征服其他公國，她們組成了歐查聯軍公然與聯邦對抗。羅歷1676年，拉錫葉公國首當其衝被戰火所籠罩，首都厄特陷落，拉錫葉女帝在王室衛隊的護衛下逃往賓斯坦城……
天使帝國3全關卡劇情流程
第1關 拉錫葉亡國之日
守護拉錫葉翡翠神殿的妮雅在巡邏時碰到被歐查軍包圍的希蜜和伊恩，趕快過去幫忙。
勝利條件：敵軍全滅。
加入人員：希蜜(等級Lv6、職業Lv1祭司)、伊恩(等級Lv6、職業Lv1盜賊)。
過關提示：妮雅第1回合先到伊恩身邊使其加入，第2回合妮雅首先移到敵人身邊進攻，有很大的機率與伊恩形成聯擊，而後伊恩向上移動幫助希蜜。第3回合妮雅也向上移動，但不急於收編希蜜，而是再次與伊恩夾擊敵人並消滅之，等下一回合再收編希蜜。而後3人保持以希蜜為中心聚在一起圍住一個敵人，妮雅、伊恩攻擊，希蜜不斷以回覆術補血掙經驗值，這樣最合算。最後敵人會有兩個槍兵的增援，以同樣的方法對付即可。建議在這一關就將伊恩轉職為槍兵，有利於日後發展為空中兵種。
第2關 翡翠神殿
3人回到神殿，歐查聯軍主將潔莉正率軍前來攻擊，神殿主教葛瑞絲要求妮雅3人立刻去賓斯坦城求援。
勝利條件：妮雅3人從左方離開戰場，或敵軍全滅。
過關提示：不要急於向前衝，讓妮雅3人跟在主教葛瑞絲的身後，與敵人接觸後讓妮雅和伊恩夾擊一個敵人，希蜜在後面不斷使用回覆術，她很快就可以升級了。再加上葛瑞絲每回合都會使用高階回覆術，這樣就可以保證我方隊員每回合都有兩次加血機會。當敵人所剩無幾時，希蜜也可以衝上直接開打。
第3關 中途林之戰
由於希蜜的“迷糊”之舉，三人在中途林被敵人發現，只好以武力突圍了。
勝利條件：我方一人以上從北部戰場脫離，或敵軍全滅。
過關提示：先向上走到離上方敵人5格的地方，可將上方敵人逐個吸引過來，我方妮雅和伊恩夾攻衝過來的敵人，希蜜在後面使用回覆術。將上方的兩個敵人消滅後，右邊的3個敵兵會逐個移動過來，當最前面的敵人靠得足夠近時，妮雅和伊恩衝上去夾攻，希蜜仍是跟在後面補血。將敵人逐個消滅後，位於左上和右上的敵人也會一個個跑過來，用相同的辦法將她們各個殲滅即可。本關如果戰敗，將進入一個小分支——“夜闖中途林”，如果再敗，將重複這個分支，直到取勝(練功關?)，此後仍按正常流程進入第4關。
第4關 前往加百列公國求援
來到賓斯坦城，妮雅受命率領小隊前往加百列公國求援，希蜜興高彩烈地跑在前頭，卻陷入了由潔莉統率的歐查軍的包圍，妮雅必須將她救回來。
勝利條件：敵軍全滅。
加入人員：愛希莉(等級Lv8、職業Lv3盜賊)、西碧兒(等級Lv8、職業Lv3槍兵)。
過關提示：本關一開始建議先將愛希莉轉職為祭司，讓希蜜全力往回退，3個槍兵全力上前接應，在第2個回合即可將希蜜保護在3個槍兵的身後，而敵人不會全部衝上來。先讓3個槍兵和0級的祭司與敵人對抗，注意儘量不要讓祭司受到多個敵人的攻擊，儘量讓我方槍兵夾擊敵人，希蜜在後面持續補血。隨著近前的敵人被消滅，遠處的敵人會兩個兩個地過來，由於我方增加了人手，同時夾擊兩個敵人也是很容易做到的事情。當潔莉衝過來時一定要好好利用她多賺經驗值，因為她會使用回覆術給自己和同伴補血，所以最好不要隨隨便便就把她給打發了。在本關我方的3個槍兵都應該能夠轉為騎士，希蜜也可以轉職為牧師了。
第5關 拉錫葉邊境
在拉錫葉邊境小村，歐查軍的潔莉正在此排兵佈陣封鎖道路，村中人安潔莉娜看不慣與潔莉爭執起來。這時妮雅趕到，當然要拔刀相助。
勝利條件：敵軍全滅。
過關提示：沿道路右側向上走，第2回合便可接觸到敵人。左側的敵人會在中間的敵人被消滅殆盡時才移動過來，而後是右上方敵人，最後是左上方的敵人，每次過來2個，所以不難對付。本關要注意不要讓NPC輕易打倒潔莉，適當時放她一馬，留著多賺經驗。
第6關 驚逢響馬團
妮雅等人來到加百列公國面見赫拉女帝求援，但赫拉拒絕出兵。在她的建議下妮雅來到米迦爾公國找聯邦議會求助，然而議會中的“反戰派”佔據了優勢，只有雷米爾公國的代表坎維琪支援妮雅對抗歐查聯軍。鑑於無法在議會中取得優勢，坎維琪轉而提議由妮雅攜帶聯邦國書前往香格里拉王國請求物資援助，同時交給妮雅一封私函讓她帶給香國的金星女帝，藉此機會請香國出兵。妮雅為了加強希蜜的責任感，便將國書交給她保管。沒想到眾人半路上突遇響馬團，她們要搶劫的似乎不僅僅是錢財……
勝利條件：敵主將盈月戰敗。
加入人員：安潔莉娜(等級Lv11、職業Lv1戰士)、米雅法兒(等級Lv9、職業Lv4祭司)。
過關提示：在進行部隊編組時建議將安潔莉娜轉職為騎士。開戰後先以我方祭司系法師為中心就地圍成一圈，讓幾個法師輪番施回覆術長經驗，其他人待機。3個回合後右上方的4個敵人就會移過來，我方以4個騎士夾擊敵人，同時另3個法師繼續施放回復術，解決這4個敵人應該會比較輕鬆。而後沿著最下方向右移動，將右方敵人消滅殆盡時右上方的盈月一夥會分幾批逐步移動下來，可以讓等級較低的米雅法兒去直接攻擊等級較高的盈月，這樣獲得的經驗值會更多，她可在本關升級轉職到牧師。而4個騎士則可攔截移動下來的盈月部下，擺平她們不難。本關如果戰敗，國信會被劫走，希蜜也不會捱罵了。妮雅等人逃到一個村子打算休息一下，沒想到這正是響馬團的大本營——響馬村，只能強行突圍了。這是遊戲中的第2個小分支——“突圍響馬村”，這一關是不允許失敗的，過關後將按正常流程進入第7關。
第7關 狄道爭國信
事實證明希蜜的“迷糊”是與生俱來無法克服的——雖然打跑了響馬團首領盈月，但希蜜身上的聯邦國信也不知道什麼時候被搶走了。妮雅既生氣又無奈，只好率領眾人追趕響馬團，以期奪回國信。
勝利條件：敵主將盈月戰敗。
過關提示：開戰後還是讓我方騎士就地圍繞法師，3個法師輪番施放回復術長經驗，注意要隨時變換騎士的位置，爭取讓每個法師周圍的人數足夠多，這樣經驗才會足夠多。三四個回合以後敵軍前部的6個人會相繼移動過來，立刻將4個騎士頂上去，法師在必要的時候也可以出手攻擊，有時也能給敵人以致命打擊。解決掉這6個敵人後以集中隊形全體向右移動，消滅盈月一夥已不成問題，注意把盈月留到最後來打。本關愛希莉可轉職到牧師。
第8關 玄武城邊境
雖然再次打敗了響馬團首領盈月，但還是沒能搶回國信，眾人無奈之下決定先到香格里拉再說。來到香國的玄武城邊境，守城的焰舞官樣十足，只認文書不認人，就是不讓丟了國信的妮雅等人過關。既然文的不行，那只有武鬥了。
勝利條件：敵軍將領焰舞戰敗。
過關提示：開局後還是老辦法，讓騎士們圍繞在法師周圍幫法師長經驗，三四個回合後右上和左下的敵人就會移動過來，這些敵人等級都不算高，比較好對付。比較不好對付的是在城裡的那個焰舞，有21級。將城外的敵人清除後，派個騎士到城門洞裡就能把她引出來，而後分出一個或兩個騎士衝進城裡，把最裡面的兩個較弱敵人放翻，其他人在城門洞外與焰舞周旋，小心她有時能打出近千的傷害值，所以要注意多存幾次盤，打敗她即可過關(如果被打敗也可以過關)。
