劇情：主線與日月的差異大概有20% 左右(不含二週目與究極洞)，大多是細節或流程更動(修正)，美樂美樂(一島)變化較多些，二島後變化就慢慢少了。
地圖：增加照相館，衝浪海灘與小道館(叄島)。
支線：多了些小支線，如可霓可市的百變 5 怪任務與究極探險對。寶可夢探索鏡的地點多了一兩個。
寶可夢：可抓到較日月多的種類。初始的御叄家招式學習順序有更動。
畫面：美樂美樂(一島)的畫面變化較明顯，二島之後變化少，但整體畫面的彩度有加強。進入戰鬥畫面時，多了光暈效果。部分招式的特效有更動。
音樂：對戰音樂較日月動感許多。
遊戲難度：較日月提高了些許，如到達烏拉烏拉島(叄島)後，與哈烏的對戰中，日月版中他僅使用叄只寶可夢，在終極日月中，他使用了五隻寶可夢。其次，在路上的路人對戰難度也增加了(叄島最明顯。)
