支線任務143：回收休伊的AI艙
前往阿富汗中央基地休伊的科研室，點擊他的電腦，那麼AI艙就會直接彈射飛回母基地。
在AI艙內居然發現了奇愛博士的屍骨，從一份審訊錄音帶當中可以瞭解到，骷髏臉迫使這對戀人爲其工作，奇愛不從選擇餓死在AI艙內，而她與休伊的骨肉也被骷髏臉所奪走，無法接受多重打擊的休伊性格變得扭曲、古怪，把真實的性情都藏在心底。
支線任務144：尋找火焰人的屍體
前往雅庫布供應哨所，在哨所中場中央就放着火焰人的屍體，當斯內克要回收他時，火焰人甦醒過來。
此時斯內剋意識到此人就是少校，隨後火焰人體內的子彈不斷地掉落並且昏迷了過去，隨後火焰人被帶回到母基地囚禁。
骷髏臉就是利用少校對斯內克的復仇渴望來對付斯內克。
支線任務145：尋找逃跑的孩子01
前往南非油田，在油田正門左側的房間內可以找到一名孩子，可以使用兒童裝富爾頓將其送回母基地。
支線任務146：尋找逃跑的孩子02
前往密語者的大宅，在大宅一層可以找到一名孩子，可以使用兒童裝富爾頓將其送回母基地。
支線任務147：尋找逃跑的孩子02
前往廢墟，在廢墟三層西面的橫樑上可以找到一名孩子，先從東面的樓梯間登上三層，然後沿着橫樑往西面走去，接着可以使用兒童裝富爾頓將其送回母基地。
支線任務148：尋找逃跑的孩子03
前往之前與靜靜初次見面並且對戰的廢墟，在廢墟一座塔上可以找到一名孩子，可以沿着塔的角落的縫隙爬到塔上，然後可以使用兒童裝富爾頓將其送回母基地。
支線任務149：尋找逃跑的孩子04
前往之斯馬要塞，在要塞內部右側的露臺上可以找到一名孩子，就按照之前進入要塞內部拾獲蜜蜂火箭筒的路線就可以找到這名孩童，最後可以使用兒童裝富爾頓將其送回母基地。
支線任務150：保護靜靜
這個任務是與主線任務“第四十五節：悄然退出”同步進行的。
支線任務151至支線任務157：射擊訓練
這是回去母基地進行射擊訓練，大致模式都相同，都是找靶子來射。
