回到傳送室這邊，那個自稱是尚恩的小男孩稱呼主角爲媽媽（爸爸），他只是一名合成實驗體，此時可選擇帶走他或者拒絕。
用傳送機來到遠處的建築天台，主角按下了引爆器的按鈕。轟隆一聲巨響，火光燭天，整座學院化爲廢墟，連同它的逆天科技。
結局動畫
我能感覺到一切向我襲來，熱浪、震波、輻射……恐懼。
世界末日再度降臨了，我閉上雙眼，看見在這一切之前，核彈落下前的人生。
什麼事都可能在轉瞬間風雲變色，你所規劃的未來也會瞬間變樣，無論你是否做好準備。人的一生中，總是會碰到這種事。
這不是我想要的世界，但我身陷其中。聯邦，我的家園，分分合合。我以爲，我希望……我能再次找到家人，騙過時光，再次團圓，回到從前的樣子。
現在我明白了，我明白世界已經變了，前方的路將會困難險阻。我已做好準備，因爲我瞭解戰爭。
戰爭永遠不變。
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幾十年的努力，終於摧毀了學院的強權科技，使得鐵路組織的願景得以實現。
至此，鐵路路線的主線任務完結。
不過，仇恨仍在土壤裏深深紮根，學院的合成年人仍散落各地，會挑選適當時機反撲。主角重擔在肩，不能鬆懈。
