第二十九節：金屬古菌
S評價條件：①擊敗骷髏部隊、②解救密語者、③不被傀儡士兵抓住、④回收骷髏部隊
收集：無
劇情：斯內克和密語者所在的直升機衝進古菌迷霧當中整個直升機馬上就開始鏽化，而駕駛員並沒有吸過密語者的煙槍所以倖存者只有斯內克和密語者。
可是無論斯內克怎麼挽救，鏽蝕不堪的直升機追蹤還是墜毀了。
step1.此時眼前出現了一羣迷霧部隊和一羣喪屍，第一時間不是要戰鬥，而是往迷霧部隊身後衝過去，那麼他們的目標就不再是躺在地上的密語者（此時不能抱起）。
迷霧部隊會瞬身過來襲擊斯內克，對其使用防反就可以擊退。隨後使用散彈槍對付他們，這樣能夠產生擊退效果。某些迷霧部隊成員屍體不會消失，可以使用強化的富爾頓可以將其帶回基地。
只要擊退所有敵人，那麼這章節就算是完結了。
劇情：隨後山貓的支援部隊已經來了，帶着斯內克和謎語者離開。
密語者知道骷髏臉已經不在非洲，他進行的核試驗非常成功，這次的核試驗任何一個衛星都無法捕捉試驗信號，測振儀都不起作用。因爲骷髏臉這次的試驗是爲了阻止爆炸。這就意味着骷髏臉打算把核武器給賣掉。
這個核武器是以金屬古菌形式來包含着微量鈾元素，用金屬古菌來提升鈾含量，將其武器化，這份量僅僅用雙足機甲都能運輸（所以骷髏臉纔會需要休伊），這就能夠讓任何國家以及武裝團體都能使用。
當恐怖掌握在個人手裏，那纔是真正的恐怖。
